Alien (エイリアン,Eirian?) es la transformación del Dr. Wily, quien adopta la forma de un extraterrestre, después de la destrucción de Wily Máquina 2.
En realidad, Alien es solo una imagen tridimensional hecha por el Dr. Wily para asustar a Mega Man, no un extraterrestre real, pero la combinación del proyector de imágenes tridimensionales y de su cañón de energía resulto bastante eficiente. Todos los ataques, salvo Bubble Lead, restaurarán completamente su medidor de energía, sumado a ello, tiene un enorme poder de combate.
Se dice que Alien fue hecho en base a la edición del año 200X del libro Enciclopedia de Monstruos para Buenos Niños (よい子の怪物図鑑,Yoiko no Kaibutsu Zukan?).
Estrategia: Una vez hayas ingresado a la habitación de batalla, compuesta por 1 área de apagón, el platillo volador del Dr. Wily descenderá del lado derecho de la pantalla, y de él saldrá el Dr. Wily flotando y convirtiéndose en un extraterrestre: el área de batalla se convertirá en un área de espacio exterior, y se recargará su medidor de energía de jefe [presentación]. Alien se desplazará de izquierda a derecha siguiendo una trayectoría en forma de 8 [repite patrón]. Cada 1 segundo, Alien disparará 1 disparo de energía a tu posición actual. Utiliza Bubble Lead, necesitarás de 28 burbujas para derrotarlo. Tras vencer a Alien, el área de espacio exterior se desactiva, y se revela que Alien tan solo se trataba de un dispositivo holográfico.
Nota:Dr. Wily ha viajado al pasado para alterar los eventos de "Mega Man 2". Mega Man viaja al pasado para restaurar la línea de tiempo.
Estrategia: Una vez hayas ingresado a la habitación de batalla, compuesta por 1 área de apagón, el platillo volador del Dr. Wily descenderá del lado derecho de la pantalla, y de él saldrá el Dr. Wily flotando y convirtiéndose en un extraterrestre: el área de batalla se convertirá en un área de espacio exterior, y se recargará su medidor de energía de jefe [presentación]. Alien se desplazará de izquierda a derecha siguiendo una trayectoría en forma de 8 [repite patrón]. Cada 1 segundo, Alien disparará 1 disparo de energía a tu posición actual. Utiliza Bubble Lead, necesitarás de 28 burbujas para derrotarlo. Tras vencer a Alien, el área de espacio exterior se desactiva, y se revela que Alien tan solo se trataba de un dispositivo holográfico.
La realidad es que es sólo un dispositivo holográfico manipulado por Wily. Solo puede ser dañado por su arma de debilidad, el formidable enemigo final.
En realidad solo es una proyección holográfica controlada por el Dr. Wily. A este enemigo final solo se le puede hacer daño con un arma que afecte a su punto débil.