Mega Man Zero 3, conocido en Japón como Rockman Zero3 (ロックマンゼロ３,Rokkuman Zero Surī?), es el tercer videojuego de la Saga Mega Man Zero. Fue lanzado originalmente para la Game Boy Advance en el 2002, y más tarde para la Consola Virtual de Wii U. Se incluyó junto con las otras tres entregas en Mega Man Zero Collection para la Nintendo DS, y también con el resto de la Saga Mega Man Zero y la Saga Mega Man ZX en Mega Man Zero/ZX Legacy Collection para todas las plataformas modernas de la época.
Mega Man Zero 3 retiene los elementos de jugabilidad establecidos por los dos videojuegos anteriores, pero también se presenta algunos cambios notorios a las reglas del juego. Como de costumbre, la tercer arma principal de Zero es nuevamente reemplazada, esta vez por un par de sables de luz similares a unos tonfas que pueden ser usadas en todas las direcciones, el Recoil Rod. Sin embargo, el cambio más destacable al modo de juego es que el sistema de niveles fue completamente eliminado, por lo que Zero ya no debe "nivelar" sus armas para poder usarlas en su máxima capacidad.
"Ciel ha logrado desarrollar una nueva fuente de energía, y está muy entusiasmada por la posibilidad de acabar con la guerra energética. Enseguida se pone en contacto con Neo Arcadia, pero se da cuenta que está ahora bajo el control de Weil. Enfurecido por su exilio de Neo Arcadia, él está decidido a revivir la guerra de hace 100 años, mandando a la Dark Elf y Omega contra la Resistencia, pero como en el pasado, las ambiciones de Weil son frustradas por el esfuerzo mutuo de X y Zero."
Dos meses después de lo sucedido Elpizo, dos soldados de la resistencia junto con Ciel y Zero yacen en caminando en un campo de nieve buscando una fuente de energía similar al Dark Elf que llego del espacio, los soldados están preocupados de que Neo Arcadia no los haya atacado durante ese lapso de tiempo, Ciel les dice que ella ya notifico a Neo Arcadia que estaba desarrollando una nueva fuente de energía y si logra completarla ellos ya no tendrían motivos de atacarlos, pero aún no ha recibido respuesta de ellos. Los cuatro logran visualizar la nave en donde está la energía similar y Zero decide adelantarse.
Zero logra llegar a la nave y Ciel trata de contactar con él, pero los dos soldados de la Resistencia ven a varios soldados de Neo Arcadia aproximándose y logran capturar a los tres. Zero entra en pánico pero Harpuia llega hacia donde esta esté y le dice que puede estar tranquilo ya que sus compañeros no fueron lastimados, pero le dice a Zero que se vaya de ahí y Harpuia se va. Ciel logra contactar con Zero otra vez. Zero se calma por un momento y le dice a Ciel que regrese a la base y el entrara en la nave, mientras se dice a si mismo que algo lo está llamando para que entre. Zero llega a lo más alto de la nave y se ve como los soldados de Neo Arcadia, Fefnir y Leviathan son derrotados por un Reploid gigante llamado Omega, el Reploid desterrado, Neo Arcadia se retira y Zero se enfrenta a Omega. Cuando logra derrotarlo este aun desiste en caer, pero Harpuia llega y logra detenerlo, cuando estaba a punto de destruirlo, una voz se oye y le dice a Omega que se detenga, la voz se trata del Dr. Weil, un científico desterrado con Omega hace un siglo.
Una joven científica humana y líder de la Resistencia, busca desarrollar una nueva fuente de energía sustitutiva para terminar el conflicto con Neo Arcadia.
Mega Man Zero 3 tiene la mayor cantidad de jefes con los que se puede aprender Habilidades EX, siendo 12 en vez de los 8 estándar.
La orden que el Dr. Weil y Copy X dan de un ataque con misiles en el Área Z-3079, la cual era una ciudad humana, se asemeja a la redada de misiles que Sigma realizo en el clímax de El día de Σ.
Técnicamente, dado que Zero destruyó su cuerpo original, la última de las creaciones del Dr. Wily fue destruida, puesto que el cuerpo actual de Zero fue hecho por otra persona, y no por Wily. Esto también significa que la última obra maestra de Wily sobrepasó la del Dr. Light, ya que el cuerpo de Mega Man X fue destruido en el juego anterior. Así pues, este juego marca el fin de las conexiones con la Saga Clásica.
El empaque original del Mega Man Zero 3 se refería al juego como "la excitante conclusión de la Saga Zero". En un principio, se pretendía poner fin a la Saga Mega Man Zero con este juego, pero los fans querían saber qué había pasado con el Dr. Weil, quien aún seguía con vida y en control de Neo Arcadia, por lo que Inti Creates creó Mega Man Zero 4 para terminar la historia con la verdadera muerte de Zero.
Gracias al Modo Ultimate del juego y al equipamiento del Buster Shot como arma principal y del Z-Saber como secundaria, es posible realizar el mismo combo que Zero usa en Mega Man X3 mediante una combinación de comandos.
Este es uno de los dos juegos en los que el primer jefe es también el jefe final. El otro es Mega Man X5 (Sigma es el primer jefe y el jefe final).
