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El Wily Castillo (ワイリー城,?) de Mega Man 9, es (hasta ahora) el penúltimo castillo de la Saga Clásica construido por el Dr. Wily. El castillo tiene 4 niveles, y es uno de los primeros Wily castillos en tener Sub-Jefes en dos de sus escenarios. Su diseño es una alteración del primer Wily Castillo (de Mega Man 2).
Su entrada principal está situada debajo de la calavera en vez de un extremo de ella. También mencionar el camino que marca hacia la entrada principal ya no está, siendo cambiada por un camino de rocas poco visibles.
Su alrededor está completamente sellado por grandes paredes con formas de huesos.
Su antena satelital es más grande.
Sus edificios están rediseñados, y ubicados en un lugar diferente.
La pequeña tubería (o chimenea) que estaba detrás de uno de los edificios, a sido retirada.
1er escenario del Wily Castillo. Infiltración hacia la fortaleza (muy similar al Wily Castillo 1 de Mega Man 2. En este escenario aparece por segunda vez Tackle Fire Dragon, un Sub-Jefe del escenario de Magma Man.
Un gran robot de cuerpo pesado con un escudo resistente a casi cualquier ataque enemigo. Puede disparar proyectiles a sus enemigos y/o empujar su escudo para golpearlos.
Blue (azul): Oni robot de un cuerno que puede disparar proyectiles que que empujan las bolas con picos. También pueden disparar proyectiles dirigibles al jugador para dañarlo.
Red (rojo): Oni robot de dos cuernos con una expreción de enojo en su rostro que puede disparar grandes proyectiles cargados que empujan a mas distancia las bolas con picos. También pueden disparar proyectiles dirigibles al jugador para dañarlo.
2° escenario del Wily Castillo con abundantes Picos en cada sector, y una profunda zona acuátia. En este escenario aparece por segunda vez Hanabiran un Sub-Jefe del escenario de Hornet Man.
Un pulpo robot que puede esconder sus extremidades (e incluso su cabeza) en su propio cuerpo. Dispara una bola de tinta negra que puede manchar y dañar a sus enemigos.
Un pequeño robot en forma de mina submarina que percibe a sus enemigos al ser atacado o caminado cerca de el. Activa un mecanismo de autodestrucción para explotar junto a el y dañarlo.
Fase 2: El torso de Mega Mech Shark tiene en su parte inferior espinas que pueden dañar gravemente al jugador, además de tener en los extremos cápsulas que lanzan Small Sharks que pueden embestir a sus enemigos.
Fase 3: La última fase de Mega Mech Shark es su cabeza. Lanza potentes rayos laser de gran tamaño con su cañón que tiene como mandíbula para dañar gravemente al jugador.
Un robot de hélice similar a una garra mecánica que cae desde el techo del escenario para atrapar a los intrusos y arrastrarlos velozmente a las zonas más peligrosas.
Un enemigo de la serie Met. A diferencia de los Mets anteriores, éste leva un disfraz de 1-UP para engañar al jugador. En algunas ocaciones, se ubica en zonas peligrosas del escenario (cerca de Precipicios) que pueden ser mortales para el jugador si se confía al avanzar.
4° y último escenario del Wily Castillo. Reaparece la Fiebre de Jefes (o Boss Rush) seguido del jefe final. En este escenario nos toparemos con algunos Mets, y rayos laser en casi todo el escenario, que pueden ser bloqueadas utilizando el Concrete Shot.
El Wily Castillo de Mega Man 9 consta de 4 niveles y cuenta con 4 temas musicales para cada escenario. El logo utilizado es la "W" hallada en todos los niveles.
En el desenlace del juego, el castillo está por derrumbarse, quedando Mega Man dentro del castillo desmayado en el suelo y al falso Dr. Light dañado dentro de la celda, luego llega Proto Man para rescatarlo.
El Wily Castillo de Mega Man 9 consta de 4 niveles y cuenta con 4 temas musicales para cada escenario. El logo utilizado es la "W" hallada en todos los niveles.
En el desenlace del juego, el castillo está por derrumbarse, quedando Mega Man dentro del castillo desmayado en el suelo y al falso Dr. Light dañado dentro de la celda, luego llega Proto Man para rescatarlo.
Wily Castillo en Mega Man 9 
