Wily Máquina 5, también referida como Wily Machine Gōgō (ワイリーマシン5号,Wairī Mashin Gōgō?), es el quinto modelo de la línea de vehículos personalmente piloteados por el Dr. Wily, conocidos como Wily Máquina.
Debido a su enorme poderío, el Dr. Wily le guarda una gran confianza. Su único punto débil es la torreta que dispara bombas elásticas, fuera de ello, no tiene ningún otro defecto. Aunque en su diseño original el capó de la cabina era convertible, debido a un error de cableado del Dr. Wily, este se desprende como si se tratará de un dispositivo de escape.
Estrategia: Al ingresar a la habitación de batalla te toparás de inmediato con la gigantesca Wily Máquina 5, el medidor de energía de jefe se recargará. Wily Máquina 5 activará el cañón succionador de su boca de cráneo en un intento de arrastrar a tu personaje y ocasionar daño de contacto (dicho succionador estará activo durante toda la batalla), en tanto, Wily Máquina 5 avanzará hasta cubrir 2/3 de la pantalla y luego regresar a su posición original, volverá a avanzar y mientras retrocede disparar desde su cañón bucal 1 enorme bola azul que rebota en pantalla, avanzará por tercera vez mientras bota otra enorme bola azul, al regresar empezará a disparar 3 misiles desde su cañón inferior, alternado así: 2 bolas azules → 3 misiles, mientras avanza y retrocede. Debes disparar al cañón en la boca del cráneo para ocasionarle daño, si usas Super Arrow solo necesitarás de 7 flechas para destruir el enorme vehículo, tras ser vencida, la cúpula rosada del capó saldrá volando dejando ver al Dr. Wily en la cabina del vehículo, el vehículo estallará y solo quedará Wily Cápsula 2 en pantalla.